Η ΒΕΡΟΙΑ ιδρύθηκε στα μέσα του 1960 από την ένωση των δύο ομάδων της πόλης, του Βερμίου και του Ερμή.

Την πρώτη της εμφάνιση στο πρωτάθλημα της Β' εθνικής έκανε την περίοδο 1962-1963 όπου κατέλαβε την 6η θέση. Μετά από 4 χρόνια στην κατηγορία, το 1966 κάνει το μεγάλο βήμα κατακτώντας την 1η θέση και ανεβαίνει στην μεγάλη κατηγορία! Από τότε της δόθηκε και η ονομασία "Βασίλισσα του Βορρά"!

Στην Α' εθνική θα μείνει για 3 χρόνια και την περίοδο 1968-69 υποβιβάζεται, για να ξανακερδίσει την άνοδο την αμέσως επόμενη χρονιά! Αυτή τη φορά θα μείνει μόλις 2 χρόνια στη μεγάλη κατηγορία (1970-72). Από το 1972 μέχρι και το 1977 αγωνίζεται στη Β΄εθνική με επιτυχία και αφού τις περιόδους 1974-75 & 1975-76 χάνει την άνοδο την τελευταία στιγμή, την αμέσως επόμενη χρονιά τα καταφέρνει!

Δε θα μείνει για πολύ όμως στη μεγάλη κατηγορία αφού τερματίζει 18η (της αφαιρέθηκαν 10 βαθ.) και υποβιβάζεται ξανά. Αυτή τη φορά θα μείνει αρκετά χρόνια στη Β' εθνική (8), έχοντας καλύτερες παρουσίες τις περιόδους 79-80 και 82-83 που τερμάτισε στην 4η θέση.
Την περίοδο 1985-1986 κερδίζει την άνοδο στα μεγάλα σαλόνια, αφού τερματίζει 2η. Την επόμενη χρονιά θα κατακτήσει την καλύτερη θέση στην ιστορία της αφού ισοβάθμησε στην 7η θέση με την ΑΕΚ και τη Λάρισα. Την επόμενη περίοδο (87-88) τερματίζει 14η από τις 16 ομάδες και υποβιβάζεται.

Μετά από 3 χρόνια στη Β΄εθνική, την περίοδο 1990-91 υποβιβάζεται για πρώτη φορά στην ιστορία της στη Γ΄εθνική! Εκεί, αφού χάνει την πρώτη χρονιά την άνοδο στον τελευταίο αγώνα, τελικά καταφέρνει να ανέβει την επόμενη (1992-93). Στη δεύτερη κατηγορία θα μείνει 3 χρονιές και το 1996 ανεβαίνει στην Α΄εθνική, όπου θα μείνει για τα επόμενα 3 χρόνια, με καλύτερη την περίοδο 1997-98 (9η θέση).

Ακολουθεί μία πτωτική πορεία αφού κάθε χρόνο χάνει και μία κατηγορία, κυρίως λόγω του προκλητικού όσο και πρωτόγνωρου κατατρεγμού της από τα θεσμοθετημένα όργανα (αθλητική δικαιοσύνη, διαιτησία κ.λ.π.).
Ένας ακόμη λόγος της πτώσης της ομάδας ήταν ότι ο μεγαλομέτοχος και πρόεδρός της κ. Β. Τσαμήτρος, του οποίου αποκλειστικό έργο ήταν η άνοδος του 1996, έδειξε μία προκλητική αδιαφορία σε σημείο που το καλοκαίρι του 2001 η ομάδα έμεινε με 6 παίκτες που προέρχονταν από τα τμήματα υποδομής και όντας στην εθνική ερασιτεχνική κατηγορία για πρώτη φορά στην λαμπρή ιστορία της!!!
Η νέα διοίκηση που επιστρατεύτηκε να αναλάβει τις τύχες του συλλόγου από εκείνο το σημείο και έπειτα, με επικεφαλή τον κ. Κώστα Γκαβαϊσέ, αναγκάστηκε να πραγματοποιήσει πάνω από 20 μεταγραφές ποδοσφαιριστών προκειμένου να μπορέσει η ομάδα να πάρει μέρος στο πρωτάθλημα!

Έτσι, αφού την πρώτη χρονιά στη Δ' εθνική η ομάδα τερμάτισε στη μέση της βαθμολογίας, την επόμενη περίοδο (2002-03) μετά από ξέφρενη πορεία σε πρωτάθλημα και κύπελλο κατέκτησε όποιον τίτλο βρήκε στο διάβα της και κατάφερε να πάρει πανάξια την άνοδο στη Γ' εθνική έπειτα από αγώνα μπαράζ.

Στην τρίτη τη τάξη κατηγορία θα μείνει για δύο σεζόν, με τον κ. Γιώργο Αρβανιτίδη να αναλαμβάνει τη διοίκηση της ομάδας. Την χρονιά 2004-2005 καταφέρνει να αναδειχθεί πρωταθλήτρια του βορείου ομίλου και να προβιβαστεί στην Β' εθνικη κατηγορία, στην οποία έμεινε για δύο χρόνια και φέτος κατάφερε να επανέλθει έπειτα από 8 έτη στην κατηγορία των μεγάλων.

Πολλοί είναι οι παίκτες που αναδείχθηκαν παλαιότερα από τη ΒΕΡΟΙΑ. Πρώτος και καλύτερος ο ανακηρυχθείς από τη στατιστική υπηρεσία της FIFA ως ο κορυφαίος έλληνας ποδοσφαιριστής του αιώνα Μίμης Παπαϊωάννου, ενώ ακολουθούν οι Βαγγέλης Συρόπουλος, Λάζαρος Παπαδόπουλος, Γιάννης Δανδέλης, Θωμάς Λιόλιος, Στέφανος Γαϊτάνος, Χρήστος Υφαντίδης, Τάκης Παπατζίκος, Μπάμπης Σαββίδης, Τάκης Καραγκιοζόπουλος, Μπάμπης Ακριβόπουλος, Ιάκωβος Χατζηαθανασίου, Γιώτης Τσαλουχίδης, Αλέξης Αλεξανδρής καθώς και τόσοι άλλοι σύγχρονοι ποδοσφαιριστές που μεταγράφηκαν σε μεγάλες ομάδες!

Στη ΒΕΡΟΙΑ επίσης, έχουν αγωνιστεί πολλοί μεγάλοι άσοι, γνωστοί όχι μόνο στην Ελλάδα αλλα και στο εξωτερικό. Ο μεγάλος Όλεγκ Προτάσοφ, οι διεθνείς περουβιανοί Φαρφάν, Χουαμάν, Μπαζαλάρ, οι Έλληνες "μουντιαλικοί" Μητρόπουλος, Τσαλουχίδης, Χαντζίδης, ο ρουμάνος Στόικα κ.α.